Oppdager hissig brystkreft

Nå er det mulig å identifisere hissig brystkreft ved å tolke det matematiske mønsteret i kreftgenomet.

TALL-KNUSING: Onkolog Hans Kristian Vollan og patolog Hege Russnes har inngått et tett samarbeid med bioinformatiker Ole Christian Lingjærde (t.v.) for å finne den statistiske sammenhengen mellom endringene i  kreftgenomet og hvor alvorlig sykdommen er. Foto: Yngve Vogt

Forskere ved Universitetet i Oslo har utviklet en helt ny metode for å skille mellom de brystkreftpasientene som har høy og de som har lav risiko for å dø av sykdommen.

– Dagens metoder er for dårlige til å forutsi hvem det går bra og hvem det går dårlig med. Vi har ønsket å identifisere de alvorlig syke pasientene, slik at de kan få aggresiv behandling, forteller Hege Russnes ved Avdeling for patologi og Avdeling for genetikk ved Oslo universitetssykehus (OuS) og UiO.

For å være på den sikre siden, blir unødig mange brystkreftpasienter behandlet med cellegift.

– I dag får mange pasienter cellegift selv om de ikke trenger denne behandlingen. Uten behandlingen kunne de ha sluppet alvorlige bivirkninger. Bivirkningene kan noen ganger bli kroniske eller livstruende. Med den nye metoden vår kan vi skille mellom pasienter med god og dårlig prognose. Det gjør det lettere å velge hvilken behandling pasientene skal ha, forteller onkolog Hans Kristian Vollan på Avdeling for onkologi og Avdeling for genetikk ved OuS og UiO.

Finner mønsterendringene i genomet

GENKAOS: Det store hjulet viser hele genomet med 24 kromosomer. De buede linjene i midten viser hvordan genmateriale har byttet plassering. Dette matematiske mønsteret viser at pasienten har alvorlig brystkreft. Figur: Ole Christian Lingjærde

 

Mange snakker om å finne det spesielle kreftgenet. Så enkel er ikke virkeligheten. Den nye metoden ser på endringene i hele arvestoffet i kreftcellene.

For å klare dette har de to medisinerne, sammen med forskningsleder, UiO-professor Anne-Lise Børresen Dale, inngått et tett samarbeid med Ole Christian Lingjærde på Institutt for informatikk ved UiO. Han er professor i medisinsk bioinformatikk, et nytt fagområde som bruker statistikk, matematikk og informatikk til å løse komplekse problemer i kreftbiologien.

De fire forskerne har funnet den statistiske sammenhengen mellom endringene i kreftgenomene og sykdomsforløpene til 600 norske brystkreftpasienter gjennom ti år.

For hver av pasientene har de målt opptil 240 000 egenskaper i genomet i kreftcellene.

– Vi druknet i informasjon og måtte bruke matematiske og statistiske metoder for å identifisere de komplekse endringene i genomet. Vi så på lokale områder i genomet der DNA-bitene var stokket om hverandre. I noen områder mangler det gener. I andre områder er det for mange gener. De statistiske analysene viser at høy kompleksitet var klart assosiert med økt risiko for å dø av sykdommen, forteller Vollan.

I samarbeid med Universitetet i Cambridge skal de nå undersøke om de får de samme svarene i 2000 britiske og kanadiske brystkreftprøver.

– Hvis den store studien i Cambridge bekrefter våre funn, kan både vi og andre fagmiljøer ta opp tråden og gjennomføre mer målrettede, kliniske studier for å teste om metoden vår kan komme pasientene til gode, sier Ole Christian Lingjærde.

Da vil det være mulig å gi hurtige, diagnostiske svar på hvilken type brystkreft pasienten har.

I dag bruker patologer mikroskop for å diagnostisere brystkreft og si hvor alvorlig pasienten er rammet. Men det er ikke mulig å se de komplekse genomendringene i mikroskopet.

– Detaljerte genanalyser og statistiske metoder kan hjelpe oss videre. Dette blir en veldig viktig del av den nye patologien, forteller Russnes.

Genkaos i kreftceller

Det menneskelige genomet består av 24 kromosomer. Under normale forhold har hvert av de 20 000 genene en fast plass på et av de 24 kromosomene. Hvert gen består av en mengde basepar. Et genom har til sammen 3,3 milliarder basepar.

Med unntak av kjønnskromosomene har friske celler alltid to kopier av hele genmaterialet. Kopitallet er med andre ord alltid lik to i friske celler.

– I kreftcellene skjer det endringer i genomet, inkludert endringer i kopitallet. Endringene kan være veldig lokale eller involvere store områder i et kromosom. Vi har fokusert på de situasjonene der det er mange lokale endringer innenfor et begrenset område av genomet, forteller Lingjærde. Algoritmen hans gjenkjenner de områdene i genomet som har et høyt antall kopier.

Moderne behandling

De fire norske forskerne står i spissen for prosjektet, sammen med amerikanske, engelske og svenske forskere.

De er nå i gang med å videreutvikle metoden for å identifisere nøyaktig hvilke områder i genomet og hvilke gener som hyppigst rammes av de komplekse endringene i genomet.

Den nye kunnskapen kan også bli viktig for å finne en målrettet, molekylær behandling mot brystkreft.

 

 

Av Yngve Vogt
Publisert 23. aug. 2012 12:22 - Sist endret 23. aug. 2012 12:22
Legg til kommentar

Logg inn for å kommentere

Ikke UiO- eller Feide-bruker?
Opprett en WebID-bruker for å kommentere