Persontilpasser brystkreftbehandlingen

Tretti forskerteam fra hele verden har konkurrert om å tolke gendata fra norske og utenlandske brystkreftpasienter. Kunnskapen er viktig for å persontilpasse behandlingen

MOLEKYLÆRE MØNSTRE: Anne-Lise Børresen-Dale (t.v.) – en av landets fremste forskere i brystkreft – og samarbeidspartner Hege Russnes – sammenligner molekylære mønstre i svulster for å persontilpasse brystkreftbehandlingen. Foto:Yngve Vogt

Over 3000 norske kvinner får brystkreft hvert år. Fem av seks er i live etter fem år. Sykdommen arter seg svært forskjellig. 600 dør hvert år. Noen allerede etter kort tids sykeleie.


For å forstå sykdommen best mulig, er det nødvendig å kartlegge alle genendringene i svulsten i minste detalj og hvordan de påvirker funksjon-ene i svulsten. Da har forskerne muligheten til å skjønne sammenhengen mellom genendringene, sykdomsforløpet, hvordan behandlingen fungerer og sannsynligheten for å overleve.


Det er ikke mulig å finne ut av dette ved å stud-ere genmønstrene til dagens brystkreftpasienter. For å lage en god modell som kan si noe om risiko-en for tilbakefall og hvem som vil overleve eller ei, må dette først gjøres på pasienter som er blitt behandlet for kreft for mange år siden og som er fulgt over lang tid, og hvor det allerede er kjent hvem som har overlevd eller ei.



Gentester gamle kreftprøver.

Det finnes svært gode kliniske data fra 2200 brystkreftpasienter som er blitt behandlet for lang tid tilbake. Forskere har derfor sammenlignet genmønstrene i kreftsvulstene til disse pasientene med hvilken behand-ling de fikk og hvordan det gikk med pasientene.


– Vi har analysert alle tumorene på ny med dagens genteknologiske metoder. Vi har sett på detaljerte genforandringer på DNA-nivå og på genuttrykket til alle genene på RNA-nivå, for å få vite hvilke gener som er skrudd av og på. Vi har også hentet inn opplysninger fra journalene til alle pasientene og kartlagt hvordan svulstene så ut, hvilken behandling pasientene fikk og hvordan det gikk med dem, forteller Anne-Lise Børresen-Dale.


Børresen-Dale er professor på Institutt for kreftforskning ved Oslo universitetssykehus og leder av K.G. Jebsen-senteret for brystkreftforsk-ning ved Universitetet i Oslo. Hun er en av landets fremste forskere på brystkreft og har viet store deler av livet sitt til å finne frem til hvilken kombinasjon av gener som fører til brystkreft og hvilke gener som gir den mest aggressive formen. Hun samarbeider tett med bioinformatikere. De bistår medisinerne med å finne genmønstrene ved hjelp av statistiske metoder og tunge databeregninger.

Pasienter fra tre land. Informasjonen fra 2000 britiske og kanadiske pasienter ble brukt til å lage en genmodell om hvordan det gikk med pasient-ene. Dataene fra 200 norske brystkreftpasienter ble brukt til å bekrefte modellene.


Selv med analysen fra så få norske pasienter ble de bioinformatiske modellene mye bedre.


– Noe av forklaringen er den lange oppfølging-en av pasientene og de svært gode molekylære og kliniske dataene. Norge har mye mer robust helseinformasjon enn andre land.

30 forskerteam konkurrerte. Børresen-Dale har dessuten innført en helt ny metode innenfor norsk kreftforskning, som gjør det mulig å få langt raskere svar.


Ved å ta i bruk «crowdsourcing» – altså visdommen fra mange – etter modell fra Wikipedia og andre dugnadsbaserte systemer, har hun med sin åpne plattform tiltrukket seg 30 internasjonale forskerteam. De har bygd og forbedret modeller som alle kunne se og kommentere parallelt.


– På den måten fikk vi både raskere og mer presise resultater.


Børresen-Dale peker på flere fordeler med «visdommen fra mange». – Hvis bare en enkelt forskergruppe hadde gått løs på dataene våre, ville faren vært til stede for at de så seg blinde på dataene og gikk i feil spor.


Innenfor tradisjonell medisinsk forskning publi-seres dataene etter to til tre år. Så må dataene bekreftes. Det kan derfor ta mer enn fem år før det er mulig å bekrefte om modellen fungerer.


– Ved hjelp av den nye metoden vår har vi greid det i løpet av et par måneder, sier Børresen-Dale.


Metoden hennes er allerede velkjent fra Big Bang-forskningen på CERN i Genève, som lar alle mulige forskerteam få tilgang til dataene.


– Når alle kan forske på tallmaterialet samtidig, helt uavhengig av hverandre, blir det konkurranse om hvem som gjør det raskest. Dette er et paradigmeskifte innenfor medisinsk forskning. Metoden er for første gang anvendt innenfor medisin og på molekylære og kliniske data.

 

Frister med gulldata.

Konkurransen foregikk i tre steg. Det ble benyttet tre datasett. De to første fra de britiske og kanadiske pasientene. Det siste datasettet var norsk.


Det første datasettet som forskerne fikk, inneholdt informasjon om molekylære data og overlev-else. Med dette datasettet kunne de lage en modell som predikerte hvem som overlevde eller ei.


Med det neste datasettet, som var blindet for informasjon om overlevelse, kunne forskerne teste modellen. Deretter fikk de fasiten for å kunne forbedre modellen.


Til slutt fikk forskerne det siste og helt ubrukte datasettet på 200 pasienter fra Norge, der de kunne teste modellene sine.


– Hvordan klarte dere å få så mange forsker-grupper med dere?


– Jeg tror det var en kombinasjon av at forsk-ningen var åpen, at de to første britiske og kanad-iske datasettene var så store og at det i tillegg lå et uanalysert datasett i den andre enden med «gulldata» som premie. Og alle visste: De som gjorde det best, ble kreditert. Premien var å bli publisert i Science Translation Medicine.


– Hva med dem som ikke blir kreditert?


– Få bioinformatikere bruker CV. De bruker nettet for å sjekke hva andre har gjort. Prosjektene våre er derfor gode arbeidsreferanser. Denne måt-en å tenke på vil kunne endre den akademiske måten å jobbe på, poengterer Børresen-Dale.

 

Internasjonalt løft.

Teamet til Børresen-Dale deltar også i en stor internasjonal undersøkelse der de sammenligner de molekylære mønstrene i primærsvulster til mer enn 25 000 kreftpasienter. Resultatene fra de 7000 første svulstene, hvorav 20 var norske, ble nylig publisert i Nature.


– Det er dyrt å generere data. Dette er kollektiv forskning og et svært internasjonalt løft. Forskerne har allerede funnet over 5000 millioner mutasjon-er i de 7000 tumorene. Genskadene ser ut til å danne spesielle mønstre. Mønstrene kan si noe om hva som har vært den bakenforliggende årsaken til sykdommen. Noen av dem kan føres tilbake til røyking, UV-stråling og aldring. Slik kunnskap vil i fremtiden kunne benyttes til forebyggende tiltak, poengterer Anne-Lise Børresen-Dale.

Av Yngve Vogt
Publisert 26. nov. 2013 06:54 - Sist endret 26. nov. 2013 06:54
Legg til kommentar

Logg inn for å kommentere

Ikke UiO- eller Feide-bruker?
Opprett en WebID-bruker for å kommentere