Beregner seg frem til ny kreftbehandling

Svære statistiske analyser av mutasjonsfordelingen i flere tusen kreftsvulster gjør det mulig å finne kurer for kreftsykdommer som det ikke finnes behandling mot i dag.

SPESIALTILPASSET: Professor Ola Myklebost forsker på persontilpasset terapi mot kreft, som tar hensyn til de ulike mutasjonsfeilene i kreftsvulstene.

Kreftsvulster er forskjellige. Det er store mutasjonsforskjeller mellom de enkelte kreftcellene. Kreftceller reagerer dessuten ulikt på behandling. Noen ganger fungerer den. Andre ganger gjør behandlingen vondt verre.

– Vi har alle en unik sammensetning av arvelige varianter av gener som påvirker hvordan både kroppen og svulsten reagerer på kreftbehandling, forteller professor i molekylærbiologi, Ola Myklebost på Institutt for biovitenskap ved Universitetet i Oslo og Institutt for kreftforskning ved Oslo universitetssykehus.

Nå har han fått 75 millioner kroner av Forskningsrådet for å utvikle ideen til neste generasjons kreftbehandling, persontilpasset terapi mot kreft, spesiallaget til de ulike mutasjonsfeilene i kreftsvulstene. Dette er et nasjonalt forskningsprosjekt for persontilpasset kreftbehandling, kalt Norsk kreftgenomikkonsortium.

– I dagens behandling brukes som oftest bredspektret kjemoterapi mot alle svulster. Målrettet behandling kan slå til mot en helt spesiell mekanisme, spesielt utvalgt for den enkelte svulst.

Myklebost undersøker nå spesielt mutasjonene i tumorer fra pasienter med svært sjeldne krefttyper.

– Drømmen vår er mer presis behandling. Når en sykdom rammer få pasienter, er det ofte liten kommersiell interesse for å utvikle medisiner. Vi ønsker å utvide bruken av målrettet behandling mot flere typer kreft. Det betyr at flere kan behandles for de utsatte krefttypene som har dårlig behandlingstilbud i dag. Vi håper for eksempel at medisin mot tarmkreft også kan brukes mot andre kreftformer, men grunnet komplekse reguleringsmekanismer i ulike typer celler er det ikke sikkert det fungerer.

Vil hjelpe dem med bløtvevskreft.

Eksempler på kreftformer med dårlige odds er lungekreft, bukspyttkjertelkreft og sarkom. Sarkom er bløtvevskreft som rammer vel 200 nordmenn om året. Barn rammes oftere enn voksne.

– Vi håper vi finner de samme mutasjonene hos dem med sarkom, som hos pasienter med andre kreftsykdommer som det finnes behandling mot allerede i dag. Da kan sarkompasientene kanskje få den samme behandlingen.

For å finne ut av dette, vil forskergruppen til Myklebost DNA-sekvensere svulster fra flest mulig sarkompasienter. De vil undersøke pasienter fra hele landet.

Foreløpig har de fått DNA-prøver av både sykt og friskt vev fra noen hundre pasienter.

– Vi må vite hvilke genvarianter som er normale, for å finne de mutasjonene som bare er relevante for svulster.

Arbeidet med å DNA-sekvensere tusen prøver, tar ett år såfremt sekvenseringsmaskinen går døgnet rundt.

Forskerne vil definere tusen gener som kan ha noe med kreftsykdommer å gjøre. De kommer ingen vei om de bare skal DNA-sammenligne friskt og sykt vev til én pasient.

De må analysere DNA-sammenhengen mellom alle pasientene for å finne hvilke mutasjoner som kan føre til kreft.

Bare en brøkdel av genomet er gener. I de vel 20 000 genene våre fins det alt fra noen få til flere titusen mutasjoner i kreftcellene. Spørsmålet er hvilke mutasjoner som skal behandles.

Under arbeidet har forskerne funnet store mutasjonsforskjeller blant cellene i samme svulst.

– Vi kan påvise mutasjoner som bare fins i en fjerdedel av cellene. Hvis du velger en behandling som bare rammer tre fjerdedeler av cellene, vil den resterende fjerdedelen av cellene kunne vokse og bli resistente. Da får pasienten tilbakefall, forteller Myklebost.

– Hvis vi finner mutasjoner for en bestemt behandling, går vi til behandlende leger med informasjonen, men vi har ingen midler til strukturert klinisk utprøving.

Alle norske kreftpasienter. Myklebost ønsker i neste runde at helsevesenet DNA-analyserer tumorer fra alle de 26 000 nordmennene som får kreft hvert år.

– Vi får da muligheter som ingen andre i verden har.

Innsamlingen av DNA-prøvene krever omfattende logistikk på sykehusene. Patologene sender inn tumorprøvene i frossen tilstand eller støpt i parafin.

– Det beste hadde vært prøver fra kirurgiske inngrep. Problemet er om pasienten allerede er blitt behandlet med cellegift. Da er cellene ofte døde. Og vi vil gjøre langt mer enn patologene. Mens patologene bare undersøker noen få gener i dag, ønsker vi å analysere minst tusen gener.

Ola Myklebost er nå med i et nasjonalt konsortium og jobber med å spre teknologien for sekvensering i alle helseregionene.
 

Tunge beregninger

Gentolkningen krever enorme statistiske analyser på datamaskiner med svært stor regnekapasitet. Dagens begrensning er nettopp mangel på tilgang til tungregning og lagring av store mengder data.

Med tanke på at genomet vårt har 20 000 gener og at en kreftsvulst ikke bare skyldes én mutasjon, men kombinasjonen av en mengde mutasjoner, må forskerne samle inn enorme mengder data for å kunne trekke ut sikker nok statistisk informasjon. Slike analyser krever svært tunge beregninger.
 

Kostbart med genterapi

Presisjonsbehandling er naturlig nok dyrere enn tradisjonell kreftbehandling.

– Fordelen er mindre bortkastet behandling. Hvis man slipper halvparten av feilbehandlingene, blir det likevel ikke dyrere i sum selv om presisjonsbehandlingen blir dobbelt så dyr. Så det er ikke sikkert at metoden vår fører til dyrere behandling. Og selv om analysene våre skulle koste noen titusen kroner, koster det ikke mer enn MR-scanning. Det er dessuten langt billigere enn om behandlingen mislykkes, mener Myklebost.

Av Yngve Vogt
Publisert 7. nov. 2013 14:02 - Sist endret 8. nov. 2013 15:20
Legg til kommentar

Logg inn for å kommentere

Ikke UiO- eller Feide-bruker?
Opprett en WebID-bruker for å kommentere